Đến Chiến tranh thế giới thứ hai, cơ cấu chỉ huy của Không lực Đế quốc Nhật Bản được chia thành ba nhánh khu vực. Các chiến dịch do Tổng tham mưu trưởng kiểm soát thông qua những khu vực trực tiếp của Lục quân đến các Hàng không quân trong từng khu vực tương ứng. Việc đào tạo thuộc Tổng giám bộ Hàng không, các cá nhân, công việc hành chính và mua sắm thì thuộc cả Bộ trưởng Bộ Chiến tranh và Hàng không chỉ huy bộ.[12]

Chỉ huy Không lực Lục quân

Các Hàng không quân tương ứng:

• Đệ nhất Hàng không quân
• Đệ nhị Hàng không quân
• Đệ tam Hàng không quân
• Đệ tứ Hàng không quân
• Đệ ngũ Hàng không quân
• Đệ lục Hàng không quân

Tổng giám bộ Hàng không

Xem Tổng giám bộ Hàng không Lục quân

Bộ trưởng Bộ Chiến tranh

Xem Bộ Lục quân (Nhật Bản)